Investigan los efectos de la ubicación geográfica en la modulación de la microbiota intestinal del pollo

Un estudio realizado por profesionales del INTA y del CONICET comparó la microbiota intestinal de aves de corral argentinas con la de pollos de engorde provenientes de siete países. Se comprobó el papel dominante de la ubicación en la modulación de la misma, lo que podría ayudar a mejorar la calidad y optimizar su producción.

La microbiota alojada en el tracto intestinal del pollo está compuesta por bacterias que influyen en la salud, el crecimiento y rendimiento de estas aves.

Es importante destacar que una microbiota sana no solo proporciona nutrientes al huésped, sino que contribuye al desarrollo fisiológico del tracto intestinal.

Sin embargo, su composición difiere en relación a parámetros como la dieta, la edad, el genotipo de los huéspedes y la porción del tracto intestinal. Para modular esta microbiota la industria avícola adoptó el uso de aditivos dietéticos debido a sus efectos antimicrobianos y en la promoción del crecimiento.

Durante los últimos años los investigadores han puesto el foco en la influencia del origen geográfico en la composición de la microbiota. Si lo comparamos con los seres humanos, la geografía es un factor que puede explicar parte de la variabilidad observada en las comunidades bacterianas intestinales. En el caso de las aves los parámetros ambientales constituyen factores clave que dan forma a la microbiota cecal, es decir, aquella vinculada a los ciegos que se encuentran en la unión del intestino delgado y la primera porción del intestino grueso.

Con el financiamiento del INTA, el CONICET y la participación de investigadores pertenecientes a ambos organismos, se llevó a cabo un estudio cuyo objetivo fue demostrar la influencia de la ubicación geográfica sobre la microbiota cecal de los pollos de engorde. Para ello se compararon conjuntos de datos de secuenciación masiva de ampliaciones del gen ARNr 16S depositados en bases de datos públicas correspondientes a siete países -Alemania, Australia, Croacia, Eslovenia, Estados Unidos, Hungría y Malasia-, para compararlos con la composición de la microbiota argentina.

Caracterización de la microbiota local

Para la descripción de la microbiota argentina se utilizaron datos de ensayos que habían sido realizados en INTA y, además, se tomaron muestras de 10 granjas comerciales de pollos de engorde en el país, clasificadas según las prácticas de cría como convencionales o fincas agroecológicas. Se recogió el contenido cecal de 23 muestras de ensayos experimentales y 27 comerciales, siendo cada muestra el conjunto del contenido cecal de cinco animales por corral. Todas las muestras se refrigeraron en hielo y luego se almacenaron a -80 °C hasta la extracción del ADN.

Las secuencias genéticas fueron analizadas mediante herramientas bioinformáticas que permiten clasificarlas taxonómicamente y comparar las comunidades bacterianas presentes en los diferentes países y tipos de muestras analizadas.

“Uno de los principales desafíos a la hora de utilizar información de secuencias de bases de datos públicas es tener en cuenta los sesgos y limitaciones de los enfoques metodológicos que podrían dar resultados erróneos en el análisis bioinformático. Por eso consideramos tres factores relacionados con los enfoques metodológicos -kit de extracción de ADN, la región variable del ARNr 16S y la plataforma de secuenciación- en el análisis y, para superar el sesgo potencial, utilizamos un enfoque conservador de selección de unidades taxonómicas para analizar las muestras de los diferentes países, incluso con el riesgo de descartar lecturas novedosas”, describió Natalia Pin Viso, autora principal del estudio Geography as non-genetic modulation factor of chicken cecal microbiota

Los resultados de la investigación refuerzan el papel dominante de la ubicación geográfica en la modulación de la microbiota intestinal del pollo sobre cualquier otro factor evaluado. El origen geográfico afectó particularmente la abundancia relativa de las familias bacterianas Bacteroidaceae, Lactobacillaceae, Lachnospiraceae, Ruminococcaceae y Clostridiaceae.

Con motivo de la divergencia de microbiota entre países, los investigadores acuñaron el término “microbiota local” como una característica convergente que combina factores no genéticos, en la perspectiva de la geografía humano-ambiental.

Al respecto, Pin Viso sostuvo: “Describimos la microbiota cecal avícola de Argentina a través de muestras provenientes tanto de ensayos experimentales como de granjas comerciales. Asimismo, pudimos identificar un núcleo microbiano compuesto por 65 unidades taxonómicas operativas, donde los cuatro taxa más abundantes pertenecieron al género Bacteroides, a la familia Rikenellaceae, al orden Clostridiales y a la familia Ruminococcaceae, todos miembros típicos del tracto gastrointestinal”.

Cabe destacar que, aunque podemos hablar de una microbiota argentina, aún se distingue la existencia de estructuras comunitarias específicas vinculadas a las muestras a nivel sublocal. “En este sentido, consideramos el régimen de manejo de las aves como la característica más notoria entre las variables que podrían ser responsables de las diferencias observadas. No solo encontramos una distinción entre condiciones experimentales o comerciales, sino también subdivisiones dentro de cada grupo -dos diseños experimentales diferentes y dos sistemas alternativos de gestión productiva – comercial y agroecológico-”, aclaró la especialista.

Los investigadores sostienen que la microbiota local debe tenerse en cuenta como un umbral general nativo. “Este trabajo es de enorme valor para mejorar el rendimiento de la producción, realizando evaluaciones adicionales de correlación de la modulación de la microbiota intestinal frente a diferentes tipos de dieta y enfoques de gestión”, detalló el grupo de investigación en la publicación. No obstante, recomiendan la inclusión de mayor cantidad de estudios en análisis futuros con el objetivo de reforzar los resultados y respaldar similitudes en la composición dentro del mismo país o misma latitud.

“Este estudio es el primer informe que describe la microbiota argentina para granjas experimentales y comerciales. El mismo podría ser considerado como línea de base cuando se prueban moduladores de la microbiota del tracto gastrointestinal en contextos específicos para mejorar la salud y la producción avícola. Sin embargo, se requieren más investigaciones para una mejor vinculación de las condiciones ambientales con los parámetros de modulación de la microbiota, que permitan desarrollar estrategias novedosas para optimizar la producción”, enfatizó la ingeniera agrónoma.